19世紀中葉，清朝在鴉片戰爭中戰敗，被迫簽訂了一系列不平等條約，在對外貿易和領土方面做出了重大讓步。伺機蠶食中國領土的外國列強隨即將覬覦的目光投向了新疆這一處于帝國腹地的遼闊區域。1865年，輔以英俄勢力的中亞軍閥阿古柏趁機率軍入侵新疆，在當地展開了長達14年的殘暴統治。
為收復新疆、重建疆域安定，1875年清廷決意出兵收復新疆，派左宗棠為欽差大臣督辦軍務。歷經艱苦卓絕的四年戰事，清軍終于收復了除伊犁外的全疆土地。左宗棠在戰后采取「不留生俘」的嚴厲手段，確保了新疆在未來30年的和平穩定。這場收復新疆的戰爭，是近代歷史上影響深遠的重要戰役之一。
1864年，因地方官僚壓迫過重，新疆各地爆發了規模浩大的農民武裝起義。起義很快被各地回族領袖利用，轉變為反清復明的叛亂。清廷為鎮壓起義，調兵達7個月之久。此時，浩罕汗國的軍閥阿古柏趁亂帶兵數萬入侵新疆，僅用1個月時間就攻占了迪化等地，建立了哲德沙爾反動政權。
阿古柏此舉引起了英國與沙皇俄國的高度重視。英國務求打開中亞市場，打通商路，對阿古柏心懷期待；而沙俄則借阿古柏之力擴張疆域，對準新疆虎視眈眈。于是，兩國競相支援阿古柏，英國提供武器彈藥，俄國更直接派兵參戰，表面上是「代收代守」，實則是乘機侵占伊犁等地。
在外勢力的扶持下，阿古柏勢如破竹，所到之處無不殺掠、燒搶。漢城（今烏魯木齊）經歷七晝七夕的大屠殺后，尸橫遍野，污血成渠；阿克蘇、庫車等城池被攻占后，阿古柏下令屠城，餓殍遍地。
據說光是在和田一地，就有十多萬人慘遭殺戮。
在阿古柏殘酷的統治下，新疆百姓處在水深火熱之中。有當地村民回憶道：「那時阿古柏率兵來了，殺人放火，我們夜不能寐，惶惶然如喪家之犬。」「哭聲、求救聲此起彼伏，我至今還無法忘卻。」百姓們膽戰心驚，只盼朝廷早日出兵，拯救蒼生于水火。
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